彼らにはじめの転機が訪れるのは、平安時代後期のことでした。大陸から仏教が本格的に伝わり、中でも最澄による天台宗、空海による真言宗の台頭により、仏教徒との融合を余儀なくされます。しかしながら、彼らが弾圧されることはありませんでした。なぜなら、山岳信仰はもともと神仏混合であること、仏教にも山を畏敬する念があったためです。これは、最澄が比叡山に、空海が高野山に寺を開いたことでもわかります。

このように、彼らの歴史は、時代の移り変わりとともに登場する新しい信仰と融合する歴史でもありました。明治時代になると神仏分離令の流れから修験道禁止令が施行され、行者の歴史は終わりを迎えるかに見えました。しかし、この時に改めて仏教の一派として生きる道を選びます。多くは天台宗派に属し、より仏教とのつながりが色濃くなりましたが、信仰心は何ら変わることは無く、現代でも息づいています。それは行者の山岳信仰の根底にあるものが「自然を敬う」という、いつの時代にも普遍的に存在する思いだからかもしれません。現代の行者が鳴らすほら貝の音は、初寅会での大護摩共などで聞くことができます。